第479話の2時間SPではなんと高校生探偵の日本一を決める探偵甲子園が開催！おなじみの服部平次やあの人だけでなく、南＆北の高校生探偵も登場するので注目だ。
数々の難事件を解決してきた高校生探偵の工藤新一は、ある事件で黒衣の男たちに襲われ、毒薬を飲まされてしまう。組織も知らなかった薬の副作用で小学生の姿となってしまった新一は江戸川コナンと名乗り、元の体に戻るため謎の組織を追うことを決意する。
担任の小林澄子が、昼休みに人と会うので教室を空けてほしいと言ってきた。コナンらは、小林が何かを企んでいると推測。教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙があった。これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだった。
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少年探偵団は読書感想文を書くため、本を図書室で選んでいた。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。コナンと歩美はその本を最後に借りた司の家へ向かう。そこで司の母親の遺影を見つけ…。
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コナンが読んだ漫画誌の話から、ミュージシャン・板垣ロクの話題に発展。そこに柱谷と息子の巧が現れる。巧はロクが橋から落とされるところを目撃し、ロクを落とした男の腕に釘の絵が描かれていたと証言した。
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堤無津川から板垣ロクの遺体が発見される。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、ロクがインディーズ時代のバンドのマークのタトゥーだったのだ。コナンらはタトゥーショップへ行くが…。
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本堂瑛祐がインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナーで、高い報酬のバイトについて書かれてあった。
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ゴミ置き場付近で銃殺事件が発生し、目暮警部と高木刑事が捜査する。被害者は船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断されるが、息子の透司は交通事故のことを母親に話したため口封じに殺されたと訴える。
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阿笠博士に連れられ、スキー場にやってきたコナンたち。コナンはスノーボード、歩美たちは雪だるま作りに夢中だ。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒の組織、水無怜奈が関わる一連の事件について尋ねる。
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コナンらは崖下にある池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進めていく。
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コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜むパックリガメを捕獲しようとしていた。元太は、無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つけ、声を掛けた。
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画家、及川武頼の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」。犯行時刻は翌日の20時だった。「青嵐」のことを心配する及川の義父･神原晴仁。及川は警察に通報し…。
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