監督は「咲-Saki-」の小野学、キャラクターデザインは原作イラストを手掛ける石田可奈。劣等生として冷遇される主人公が頭角を現していくストーリーが痛快。
魔法が現実の技術として確立された時代。国立魔法大学付属第一高校、通称「魔法科高校」に、兄・司波達也と妹・深雪が入学する。エリートが集まる一科生の妹に対して、兄は補欠枠の二科生だった。そんな劣等生の兄だったが…。
西暦2095年、魔法師の育成が国策となり、国立魔法大学付属第一高校に対照的な兄妹が入学した。首席で合格した司波深雪は成績優秀な一科生。ある欠陥を抱えた兄・司波達也は一科生の補欠・二科生に所属する。
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深雪をめぐる対立は、やがて一科生と二科生の間に横たわる差別意識を浮き彫りにする結果となった。生徒会長の七草真由美から生徒会に勧誘された深雪は、入試のペーパーテストで1位を取った達也を役員に推薦する。
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生徒会副会長・服部刑部との模擬戦に勝ったことで達也の実力が証明され、風紀委員会入りが決定。二科生が風紀委員になるのは前代未聞であり、達也は今後の各方面からの反発を予想して気が重かった。
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部員勧誘演武の場で剣道部の壬生紗耶香と剣道部の桐原武明が衝突。エース同士の争いは両部の乱闘に発展するが、達也が負傷者を出すことなく騒動を治めた。そんな達也だが、何者かによる嫌がらせを受け始める。
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二科生の待遇改善を求める「学内の差別撤廃を目指す有志同盟」が放送室を占拠するが、達也や部活連の会頭・十文字克人によって計画は失敗に終わった。彼らは真由美から公開討論会を提案され、一度は解散する。
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生徒会や風紀委員の活躍によってブランシュの襲撃は鎮圧されていく。達也はブランシュが狙っているという図書館へ深雪たちと急行する。 同じ頃、図書館にある特別閲覧室ではテロリストが行動を起こしていた。
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紗耶香は催眠術によってブランシュに利用されていた。達也は自分と深雪の日常を損なおうとする者を全て駆除すべく、ブランシュ潰しを決意。連中のアジトへと向かう達也に深雪、エリカ、レオ、十文字らも同行する。
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全国の魔法大学付属高校に、今年もスポーツ系の魔法を競い合う九校戦が近づいた。エンジニアの人材不足に頭を悩ませていた真由美は達也に注目し、エンジニアとして二科生では初となる九校戦のメンバーに推薦する。
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達也がエンジニアとして正式に九校戦のメンバーに加わった。九校戦発足式が終わり本格的に準備が始まると、深雪や光井ほのか、北山雫ら担当する選手たちと共に、CADの調整や訓練を開始する。
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九校戦の会場に向かう途中、対向車線を走る車がガード壁に激突し、一高生の乗ったバスに突っ込んできた。慌てた一高生たちが無秩序に魔法を発動したせいでサイオンの嵐が起き、魔法が効果を発揮しない事態に陥る。
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