本作は『東京喰種√A』の2年後を描出。失った過去を持つ、心優しき指導者・佐々木琲世が一癖も二癖もある班員をまとめ上げながら、どのように任務を遂行するのかに注目。
“喰種”を駆逐・研究するCCGが実験体集団＜特捜官チーム＞を新設した。それは、最強の特等捜査官・有馬貴将を超える捜査官を作るために組成され、メンバーは「Qs（クインクス）」と呼ばれた。一等捜査官・佐々木琲世はその問題児たちの指導に努めるが…。
ヒトと変わらない姿をしながらヒトの肉を食うことで生きている存在・喰種（グール）。彼らの脅威から人々を守るために設立された[CCG]（喰種対策局）で、クインクスと呼ばれるチームが結成された。
24分
六月透の捨て身の追跡により、駆けつけた瓜江、不知はトルソーを追い詰める。しかし、そこにオロチが現れ、形勢は逆転。遅れて援護に入った琲世が単独でオロチに立ち向かうが、Sレートのオロチの強さに苦戦する。
24分
CCG内での出世に執着する瓜江は、琲世の許可を偽って自らの赫子の稼動レベルを引き上げる施術を受ける。一方クインクス班は、エース捜査官である鈴屋什造率いる鈴屋班と共に合同捜査をすることになった。
24分
ナッツクラッカーから首尾よく情報を引き出した六月によって、次回オークションの概要が判明。CCGでは、この機会に大掛かりな喰種掃討作戦を決行することになり、六月と什造が「商品」として会場に潜入することに。
24分
什造の奇襲によりオークション会場が混乱したところで、CCGの部隊がなだれ込んだ。大乱戦のなか、六月は何とか逃げ出すが、月山家に仕える喰種、カナエ＝フォン・ロゼヴァルトに執拗に追いかけられてる。
24分
戦線離脱した六月と瓜江は、逃走を図る多数の喰種を発見。別ルートでたどり着いた什造と共に戦いに身を投じる。一方、不知たちとナッツクラッカーの駆逐に当たる琲世だったが、准特等捜査官・和修政の命令で…。
24分
オークション会場を狙った喰種掃討作戦と、CCGの移送車両の護衛作戦が終了。ハイセは過去の自分を知る喰種の少女・笛口雛実の所有権を申し入れる。また、ハイセはメンバーの昇進を祝うホームパーティを企画する。
24分
大量誘拐犯の喰種集団「ロゼ」の捜査を開始したCCGだが、狡猾な彼らをなかなか追い詰められない。そんななか、琲世は自分宛に届いたマスクにヒントを見い出す。一方、カナエは心を病んだ月山習に胸を痛め…。
24分
“金木研”が生きていることを知った月山は喜々として会いに行くが、“カネキ”としての記憶を失った琲世は月山のことがわからない。そんななか、月山家の使用人・ユウマの拷問映像がSNS上に流れ…。
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いまだ全容が掴めないロゼを捜査するため、クインクスの特性を活かした琲世考案の「マスク作戦」が導入された。そんななか、琲世は喰種にすら恐れられる「眼帯の喰種」の存在を知り、その調査を始める。
24分
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