アマゾンに育てられた少年と、アマゾンに育てられた少女を軸に、第1シーズンから5年後の世界が描かれる。悠や仁、駆除班たちも交えて迎える結末に衝撃を受けること必至。
野座間製薬が引き起こしたトラロック事件から5年。アマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。その頃、仲間たちと共にアマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たすが…。
あれから5年が経ち、トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を見せていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。
39分
黒崎に４Cへ連れ戻された千翼は、イユや黒崎隊と共にアマゾンの駆除をすることになる。感情や痛みのないイユの戦いぶりに心を痛める千翼は、初めて誰かを守るために変身し、そこへ行方不明だった悠が現れる。
34分
千翼は悠と激しい戦闘になり、そこに割って入ったのは悠を追いかけて4Cに入隊した美月だった。一方、志藤のもとに駆除班のメンバーが集まる。そして、「5年前」を清算すべく、それぞれの意志が動き出す。
30分
イユに人間らしく振る舞ってほしいと願う千翼は、彼女を連れて4Cから抜け出す。一方、志藤たちが事件の源となるウォーターサーバーの水源調査に当たるなか、そこで思いも寄らない人物と再会する。
30分
志藤たちの前に現れたマモルは、ひっそりと生きることも許されない「アマゾン」の現実をぶつけた。別の水源に向かった美月は悠と遭遇。アマゾンと共に姿を消した悠は本当に人類の敵なのかどうかが懸念される。
30分
アマゾン細胞の影響で急成長した少年・千翼はイユの笑顔が見たいと、生前のイユが好きだったものを調べ始める。そして、溶原性細胞を蔓延させる原因である「オリジナル」の存在がより注目される。
31分
4Cは千翼の出自を探ろうとして、彼に対して非情な手段を選択する。一方、イユは千翼に言われた「楽しかった場所」へと向かうのだが、そこに現れたのはアマゾンを狩ることに全てを懸ける男だった。
30分
鷹山仁はトラロックにより理性を失いながらも、アマゾンを1匹残らず殺すことに執着していた。傷も癒えて意識が戻った鷹山は、長く寄り添っていた七羽の異変に気づく。そして、悲劇が始まろうとしていた。
30分
「オリジナル」という事実を突きつけられた千翼は、人質に取られたイユのためにも自ら犠牲になる意志を固めた。一方、悠と志藤たちはマモルの潜伏先と思われる場所で、謎のアマゾンと遭遇する。
30分
イユは、黒崎の命令で再び千翼を駆除対象と認識した。暴走する千翼は、アマゾンとしての本能を抑え切ることはできなくなっていた。幼少期にアマゾンに育てられた千翼は今、「生きたい」と苦悩する。
29分
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