恒例となったJR西日本とのコラボ企画のミステリー・ツアーもこの第6シーズンから（第236話＆第237話）。また、お馴染みとなった怪盗キッドも第219話でコナンと対決する。
数々の難事件を解決してきた高校生探偵の工藤新一は、ある事件で黒衣の男たちに襲われ、毒薬を飲まされてしまう。組織も知らなかった薬の副作用で小学生の姿となってしまった新一は江戸川コナンと名乗り、元の体に戻るため謎の組織を追うことを決意する。
「黄昏の館」の晩餐会に招待された小五郎は、自分以外に５人の名探偵が招待されていたことを知る。探偵たちが殺されていく中で、コナンは館の謎とキッドを暗示させる招待主を突き止めようとする。
93分
毛利探偵事務所を中年の和服の美女が訪れ、中学の同級生捜しを依頼した。尋ね人の柴田四朗のマンションを訪ねるが、そこには依頼人・静華の写真を握り締めて絶命した柴田の遺体があった。
25分
静華の依頼で捜し当てた柴田四朗は、自宅マンションで撲殺されていた。静岡県警の横溝刑事は静華に容疑をかける。が、コナンは四朗の手から別の痕跡を発見し、真犯人を追い詰めていく。
25分
奇妙な手紙を受けとった服部平次とコナンたちは人魚伝説がある美国島に渡った。この日は奇祭「儒艮（ジュゴン）祭り」の日で、不老不死のお守りとされる儒艮の矢を授かろうと人々が集まっていた。
25分
人魚伝説の伝えられる美国島で年に一度の奇祭の夜、コナンたちに助けを求めた沙織の幼なじみ・寿美が人魚のような姿で滝の中から首吊り状態で発見され、その通夜の席でまた、新たな事件が起きる。
25分
人魚伝説の伝えられる美国島で起きた３つの連続殺人事件。被害者の３人は平次とコナンに助けを求め、行方不明になっている沙織の幼なじみだ。県警は沙織の父・弁蔵を山狩りで捕えるが…!?
25分
コナンたちの同級生・倫太郎が「家に怪しいおじさんがいる」と相談にきた。食堂をやっている倫太郎の家に男が住み込んで無給で働いているという。倫太郎は男の企みを暴いてほしいと依頼する。
25分
ゲームセンターでコナンと蘭、園子は、帝丹高校の教師ジョディと会う。ファイティングゲームに挑んだ蘭は、ゲーマー・尾藤に敗戦。尾藤は挑戦者の志水とゲームを始めるが、終了後に死亡していた。
25分
ゲームセンターでプレイ中に死亡した尾藤賢吾はフグ毒を右上腕部に針のような物で注入されたことがわかるが、凶器は発見されない。コナンは容疑者たちが移動するたびに妙な音がすることに気づく。
25分
蘭が園子と一緒に陶芸教室に通い始めた。コナンが様子を見に行くと、教室では陶芸家・美濃宗之の婿養子・素夫が姿を現さないと心配していた。コナンたちは物置の戸棚の中で素夫の遺体を発見する。
25分
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