タツノコプロ制作によるSFヒーローアクションの続編。新しいメカを駆っての戦闘、ジョーの復活と苦悩など、アクションはもちろん厚い人間ドラマも描かれている。
科学忍者隊の活躍によって地球は平和を取り戻した。だが宇宙へ去ったはずの総統Xが再び襲来。新たなしもべ・ゲルサドラの元にギャラクターを復活させる。地球征服のため活動を再開したギャラクターに立ち向かうべく、科学忍者隊は新たな戦いに身を投じる。
科学忍者隊の活躍によって壊滅したかに見えた秘密結社ギャラクターの影の支配者･総裁X。だが彼は、染色体に異常を持っていたとある子供を拉致して急成長させ、新首領･ゲルサドラに任命した。
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武神像による攻撃が科学忍者隊に迫り、危機に陥った。しかし、謎の人物が現れて忍者隊は九死に一生を得る。羽根手裏剣によってホークゲッツが倒されたとき、健たちはジョーの記憶を思い出すのだった。
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影の支配者･総裁Xが率いる秘密結社ギャラクターの基地建設計画の危険を知らせるテープがISOに届けられた。テープの声はジョーの声にそっくりだ。その情報を得た忍者隊は、フランジェルスへと向かう。
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ジョーの声によく似た声で収録されたテープによって知らされてギャラクターの秘密基地は、デラ砂漠の地下に建設中だった。しかし事故によって爆発し、その影響で近隣の都市に大地震が発生する。
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約3万5000年前に絶滅したはずの原人が蘇り、密林にあるフルギニアの村を壊滅させてしまう。忍者隊が村に調査へ向かったところ、移民の家族･藤堂一家の小さな息子が生存しているのを見つける。
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ロード島の海上で、航空機や船舶の消息不明事故が続く。この海域には無人島がいくつかあり、中心にピラミッド都市があった。それは、ピラミッドパワーシステムの実用化のために着工していた都市だった。
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秘密結社ギャラクターを率いている総裁Xは、宇宙生物･レッダーを開発した。この宇宙生物は、急速な成長を遂げて人間を襲うのだという。しかし、最終実験の途中に、隊員のミスで種を1つなくしてしまった。
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観測惑星が消失する事件が連続して発生する。その真相を探るため、白鳥のジュンと燕の甚平の2人は天体観測衛星に乗り込んだ。そこに突然現れる黒い移動要塞。その要塞に観測衛星が捕獲されてしまう。
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忍者隊は北極海にギャラクターの基地を発見し、出動する。ゲルサドラはそれを察知して、忍者隊の進路へミサイルを発射した。総裁Xは元部下･ベルクカッツェの姿をゲルサドラに重ねて油断の危険を説く。
24分
突然、激しい吹雪が南国の島々を襲った。その吹雪により、数万人もの人々が凍死。近くの海を偵察していた竜は、潮流のせいでメカが操縦不能となり、ある島に流れ着いた。その島には、鯨狩りの老人･ロッコがいた。
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