弐瓶勉の漫画を原作とするSF作品の第2期。前作の副監督の瀬下寛之が監督を務め、息をもつかせぬ展開をポリゴン・ピクチュアズによる圧倒的なCG映像で描いていく。
対話不能の異生物・奇居子（ガウナ）により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道は、祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人の操縦士訓練生となる。
太陽系を滅ぼした謎の生命体・奇居子と戦いながら新天地を目指す播種船・シドニア。目覚ましい戦果を挙げる衛人操縦士・谷風長道は操縦士訓練生の憧れとなる。彼は外生研から消えたエナ星白の行方を気にしていた。
24分
長道たちは、シドニアの進路上に現れた新たな奇居子・ガ549に苦戦する。するとそこへ白羽衣つむぎと名乗る新型奇居子が現れた。ガ549に攻撃を仕掛けるつむぎに衛人隊は言葉を失うが、ある作戦を立てる。
24分
不死の船員会を処分して議会を停止した小林艦長は、独断でシドニアの進路をレム恒星系の第九惑星ナインに向ける。目的は第七惑星セブンに侵攻する大シュガフ船の殲滅で、彼は惑星ナインから総攻撃を仕掛けると話す。
24分
ガ550が無数の奇居子本体を放出した。そんななか、先行したつむぎは袋状の構造体となった第1群に捕らえられるが、岐神は絶好の機会だとばかりに、つむぎの爪に仕込んだ人工カビの力を試そうとしていた。
24分
奇居子の攻撃から身を挺してシドニアを守ったつむぎだが、体組織の約90％を失い危険な状態だった。長道と纈は、つむぎと同じく致命的な傷を負ったイザナの病室を訪れ、そこである光景を目撃することとなる。
24分
寮を出ることになった長道はイザナを頼る。イザナの家では不思議な音がするというが、その正体はつむぎだった。長道たちにあと何回会えるのかと考えたつむぎは、切なさのあまりイザナの家に飛び込んできたのだった。
24分
重力子放射線射出装置が浮遊小惑星をうがつ。新兵器の実験に成功したかと思われたその時、ヘイグス粒子供給源との接続が解除できなくなる。暴走した射出装置のエナは、激しい衝撃とともに拡大するばかりだった。
24分
後部外郭で発生した事故の復旧作業が始まると同時に供給制限が行われ、まとまって暮らすよう呼びかけられる。長道たちの家にも纈が転がり込み、早速イザナの部屋を占拠するなど、生活がさらに賑やかになっていく。
24分
シドニア随一の景勝地・千秋郷を訪れた長道とイザナ。満開の桜に包まれた2人は距離を縮めていくが、長道はあくまでも調査だと言って任務を着々とこなしていく。一方、置いてきぼりを食らった纈とつむぎだが…。
24分
イザナたち偵察部隊が惑星ナインで奇居子に遭遇。奇居子の反応が瞬く間に増えていき、イザナたちは次々と撃墜される。一方、偵察部隊からの通信が途絶えた司令部では、小林艦長が奇居子を殲滅すべく動きだす。
24分
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